Клуб был основан в 2013 году. Команда выступает в высшей лиге чемпионата Бутана по футболу среди юношей до 20 лет. Лучшим результатом команды является второе место в сезоне 2017 года.

В 2020 году "Пенеденсе U20" выступила на международном уровне, приняв участие в Южноазиатском чемпионате среди юношеских команд до 20 лет. Команда заняла четвертое место, уступив в полуфинале сборной Индии, а в матче за третье место - сборной Бангладеш.

В 2021 году "Пенеденсе U20" вновь приняла участие в Южноазиатском чемпионате среди юношеских команд до 20 лет. Команда смогла выйти в финал, где уступила сборной Индии со счетом 2:1.

Главным тренером команды является Доржи Кипу. В составе команды выступают такие игроки, как Тензин Норбу, Кесанг Дорджи, Намгьял Дорджи, Нгаванг Лхендуп, Карма Церинг, Куензел Пури, Сандей Олумиде, Огечукву Эммануэль, Джон Айиба и Фарид Саиди.

"Пенеденсе U20" является одним из самых титулованных клубов в Бутане среди юношеских команд до 20 лет. Команда известна своей атакующей игрой и большим количеством забитых голов. "Пенеденсе U20" является постоянным участником международных турниров и представляет Бутан на международной арене.