Футбольный клуб «Малага Сити» был основан в 1994 году в городе Малага, Испания. Клуб выступает в Сегунде B, третьем дивизионе испанского футбола. Домашним стадионом команды является «Эстадио Росаледа», вмещающий 30 044 зрителя.

«Малага Сити» никогда не играл в высшем дивизионе испанского футбола, но в сезоне 2002/03 команда достигла полуфинала Кубка Испании, где уступила будущему победителю турнира «Валенсии» со счетом 1:0.

В сезоне 2012/13 «Малага Сити» занял первое место в своей группе Сегунды B и вышел в плей-офф за выход в Сегунду, но уступил в финале «Реалу Сарагосе» со счетом 2:1.

В сезоне 2015/16 «Малага Сити» снова занял первое место в своей группе Сегунды B и вышел в плей-офф за выход в Сегунду, но снова уступил в финале, на этот раз «Тенерифе» со счетом 2:1.

В сезоне 2018/19 «Малага Сити» стал чемпионом Сегунды B и впервые в своей истории вышел в Сегунду. В сезоне 2019/20 команда заняла 18-е место в Сегунде и вылетела обратно в Сегунду B.

В сезоне 2020/21 «Малага Сити» занял 9-е место в своей группе Сегунды B и не попал в плей-офф.

Главным тренером «Малаги Сити» является Хуан Рамон Лопес Муньос. Среди известных игроков, выступавших за клуб, можно отметить Алекса Бергантера, Иско, Санти Касорлу, Хосеми и Хуана Себастьяна Верона.