Футбольный клуб «Бананц 2» из Еревана был основан в 2003 году как фарм-клуб «Бананца». В 2004 году команда дебютировала в Первой лиге Армении и заняла 5-е место. В 2005 году «Бананц 2» стал победителем Первой лиги и вышел в Премьер-лигу. В Премьер-лиге команда выступала до 2007 года, после чего была расформирована. Лучшим достижением «Бананца 2» в Премьер-лиге стало 6-е место в сезоне 2005 года.

В 2013 году команда была возрождена и вновь стала выступать в Первой лиге. После выхода из банкротства клуба «Бананц», из-за которого сезона 2017 года клуб был расформирован второй раз, в сезоне 2018 года клуб «Урарту 2» ещё раз переименовался в «Бананц-2» и продолжил выступления в Первой лиге.

С 2019 года команда выступает в чемпионате Армении по футболу среди дублирующих составов.