ФК «Металлург-мол.» из города Липецка основан в 2003 году. Домашние матчи команда проводит на стадионе «Металлург», вмещающем 14 940 зрителей.

С 2012 года выступал во Втором дивизионе России, в зоне «Центр». В 2013 году победил в турнире и вышел в Первенство ФНЛ.

Наивысшее достижение в первенстве ФНЛ — 10-е место в сезоне 2014/15.

В сезоне 2015/2016 занял 15-е место, а в сезоне 2016/17 команду покинул ряд ведущих игроков, в том числе Алексей Гасилин, Денис Кленкин, Игорь Беляков, Максим Канунников, Олег Мирошниченко. Клуб занял 20-е место в Первенстве ФНЛ и вылетел во Второй дивизион.

В сезоне 2017/2018 клуб занял 6-е место в своей группе Второго дивизиона.

В сезоне 2018/2019 «Металлург-мол.» долгое время претендовал на место в первой тройке, но в итоге занял 4-е место.

Сезон 2019/2020 стал одним из самых успешных в истории клуба. Команда заняла 3-е место в группе «Центр-2» и впервые в своей истории вышла в Футбольную национальную лигу.

В сезоне 2021/22 команда вылетела в третий дивизион.