Футбольный клуб «Жонсник» был основан в 1994 году группой энтузиастов, которые мечтали создать команду, которая могла бы представлять город на футбольных турнирах. Первым президентом клуба стал Владимир Иванович Петров, а главным тренером - Сергей Александрович Иванов.
В первый же год своего существования команда заявилась в чемпионат города и сразу же заняла первое место. В следующем году «Жонсник» повторил свой успех, а также стал победителем Кубка города. В 2000 году команда вышла в финал Кубка области, но уступила в решающем матче команде «Спартак» из областного центра.
В 2002 году «Жонсник» стал победителем чемпионата области, а также впервые в своей истории вышел в финал Кубка России среди любительских команд. В финале команда уступила московскому «Локомотиву», но это достижение стало большим успехом для клуба из небольшого города.
В 2003 году «Жонсник» повторил свой успех, став двукратным победителем чемпионата области и обладателем Кубка области. В 2004 году команда снова вышла в финал Кубка России среди любительских команд, но на этот раз уступила в решающем матче команде «Спартак» из Москвы.
В 2005 году «Жонсник» впервые в своей истории стал победителем Кубка России среди любительских команд. В финале команда победила команду «Сатурн» из Раменского со счетом 2:1. Это достижение стало большим успехом для клуба, который представлял небольшой город на всероссийском уровне.
В 2006 году «Жонсник» занял второе место в чемпионате области, а также стал обладателем Кубка области. В 2007 году команда повторила свой успех, заняв второе место в чемпионате области и выиграв Кубок области. В 2008 году «Жонсник» занял третье место в чемпионате области, а также вышел в финал Кубка области, но уступил в решающем матче команде «Спартак» из областного центра.
В 2009 году «Жонсник» занял первое место в чемпионате города и вышел в финал Кубка города, но уступил в решающем матче команде «Динамо» из областного центра. В 2010 году команда повторила свой успех, заняв первое место в чемпионате города и выйдя в финал Кубка города, но снова уступила в решающем матче команде «Динамо» из областного центра.
В 2011 году «Жонсник» занял второе место в чемпионате города и стал обладателем Кубка города. В 2012 году команда повторила свой успех, заняв второе место в чемпионате города и выиграв Кубок города. В 2013 году «Жонсник» занял третье место в чемпионате города и вышел в финал Кубка города, но уступил в решающем матче команде «Спартак» из областного центра.
В 2014 году «Жонсник» занял первое место в чемпионате города и вышел в финал Кубка города, но уступил в решающем матче команде «Динамо» из областного центра. В 2015 году команда повторила свой успех, заняв первое место в чемпионате города и выйдя в финал Кубка города, но снова уступила в решающем матче команде «Динамо» из областного центра.
В 2016 году «Жонсник» занял второе место в чемпионате города и стал обладателем Кубка города. В 2017 году команда повторила свой успех, заняв второе место в чемпионате города и выиграв Кубок города. В 2018 году «Жонсник» занял третье место в чемпионате города и вышел в финал Кубка города, но уступил в решающем матче команде «Спартак» из областного центра.
В 2019 году «Жонсник» занял первое место в чемпионате города и вышел в финал Кубка города, но уступил в решающем матче команде «Динамо» из областного центра. В 2020 году команда повторила свой успех, заняв первое место в чемпионате города и выйдя в финал Кубка города, но снова уступила в решающем матче команде «Динамо» из областного центра.