Футбольный клуб «Зандер» был основан в 1920 году в городе Санкт-Петербург. Клуб назван в честь одного из первых его президентов, Александра Зандера.

В первые годы своего существования «Зандер» выступал в городских и региональных соревнованиях. В 1936 году клуб дебютировал в чемпионате СССР по футболу. «Зандер» выступал в высшей лиге чемпионата СССР с 1936 по 1941 год и с 1945 по 1950 год. Лучшим достижением клуба стало 4-е место в 1938 году.

В 1951 году «Зандер» был расформирован. В 1954 году клуб был восстановлен и выступал в низших лигах чемпионата СССР. В 1970 году «Зандер» прекратил свое существование.

В 2007 году клуб был возрожден и выступал в третьем дивизионе чемпионата России по футболу. В 2010 году «Зандер» завоевал право выступать во втором дивизионе. В 2013 году клуб занял 1-е место во втором дивизионе и впервые в своей истории получил право выступать в первом дивизионе.

В первом дивизионе «Зандер» выступал три сезона, но не смог закрепиться в лиге и в 2016 году вернулся во второй дивизион.

В настоящее время «Зандер» выступает во втором дивизионе ФНЛ.